Een hele tijd was het stil, totdat in 1941 een zekere broeder Felix, lid van de Congregatie van de broeders van Huijbergen, het noodzakelijk vond een zelfstandig zangkoor op te richten vanuit de parochie St. Jan met als doel de gregoriaanse gezangen nieuw leven in te blazen. Tot dan was het herenkoor meer ingenomen geweest met meerstemmige muziek dan met het gregoriaans, maar desondanks werd broeder Felix’ initiatief tot het oprichten van een specifiek gregoriaans koor met instemming begroet. Hij kon putten uit het grote ledenbestand van het jongenskoor van de St. Jan, dat tot 1939 onder leiding stond van broeder Pius. Toen deze overgeplaatst werd naar Hulst zat het knapenkoor een tijdje zonder dirigent. Broeder Felix ontfermde zich er over en stichtte een zelfstandig opererend koor met als doel uitsluitend gregoriaanse gezangen te brengen. De jongens, of liever gezegd de jongemannen rekruteerde hij uit dat knapenkoor. Zij waren gewend gregoriaans te zingen, maar wanneer zij ‘de baard in de keel’ kregen konden zij niet langer lid blijven van het knapenkoor. Zo ontstond op 14 juni 1941 de Schola Major.
Helaas vertrok broeder Felix ruim een jaar later en moest er naarstig worden gezocht naar een dirigent die Felix’ liefde voor het gregoriaans deelde en het koor verder wilde bekwamen en meevoeren op het veeleisende pad van de gregoriaanse gezangen. Na wat gezoek en informeren werd zo iemand gevonden: Adam van den Bosch. De datum 14 juni 1941 is in feite de oprichtingsdatum geworden van de huidige Schola Cantorum. Geruisloos en zonder ophef is de Schola Major overgegaan in de Schola Cantorum. De notulen van 19 augustus 1943 vermelden dat er een voorlopig bestuur is gekozen, bestaande uit: G. Laurijssens, voorzitter, K. Vermijs, secretaris, en J. Oomen, penningmeester. Ook werd op die datum een reglement van het zangkoor ‘Schola Major’ door de leden aangenomen en bekrachtigd. Het zelfstandige koor, niet verbonden aan een kerk of parochie, verzorgde af en toe een liturgische viering. Vaste prik was in ieder geval de bijdrage van het koor aan de Eerste Vrijdag van de Maand. Een keer in de maand verzorgde de Schola Minor ook een kerkelijke viering en wel in de huiskapel van de Catechisten in de Klappeijstraat.